Urodziła się w Warszawie. Jak twierdzi – jej życiem często kieruje los – na szczęście nie jest ślepy, krzyżując jej drogi życia z wielkimi osobistościami świata filmu.
Nigdy nie marzyła, by zostać aktorką, a gra w szkolnych przedstawieniach będąca dobrym pretekstem do zwolnień z nudnych lekcji, okazała się prorocza. Chciała zostać chirurgiem, jednak zawód miłosny sprowokował ją do zmiany planów. W 1979 roku ukończyła warszawską PWST. W trakcie trwania studiów zadebiutowała u Agnieszki Holland w filmie „Zdjęcia próbne”, a tuż po zagrała u Barbary Sass w dramacie psychologicznym „Bez miłości” oraz u Krzysztofa Zanussiego w dramacie obyczajowym „Constans”.
Z angażem z Teatru Narodowego w dłoni wyjechała do Francji odwiedzić przyjaciółkę Joannę Pacułę. Stan wojenny uniemożliwił powrót do kraju. I tak chcąc, nie chcąc rozpoczęła życie na emigracji. W Paryżu zagrała w filmie Andrzeja Wajdy „Danton” oraz w komedii kryminalnej Jeana – Luisa Comolli – „Zagubione kule”. W międzyczasie dostała stypendium Forda i poznała przyszłego męża Karola Steina, z którym wyjechała do USA. W Ameryce otrzymała stypendium na New York University. Tak narodziła się Margaret Sophie Stein. Drogę do tamtejszego rynku serialowego i filmowego otworzyła jej rola Jadwigi w dramacie „Wrogowie” (Enemies: A Love Story ) Paula Mazursky’ego. Zaczęła spełniać swój amerykański sen. Jej twarz z dnia na dzień stawała się rozpoznawalna. W dramacie „ Rodzina Sary. Anons” zagrała u boku samej Glenn Glose, a Woody Allen zaprosił ją do współpracy w słynnej komedii „Strzały na Broadwayu”. Zagrała także z Sarą Michelle Gellar w „Nieodpartym uroku”. Widzowie amerykańscy mogli ją oglądać w popularnym serialu „ All My Children”. Miała także swój udział w amerykańskim mini serialu „A Will of Their Own” .
W 1999 roku podjęła decyzję powrotu do ojczyzny. Rok później wystąpiła w filmie Janusza Morgensterna „Żółty szalik”, a owocem współpracy z Jerzym Stuhrem była pierwszoplanowa rola w filmie „Pogoda na jutro”.
Widzowie telewizji polskiej chętnie śledzą losy bohaterek, w jakie wciela się pani Małgorzata w serialach :„Złotopolscy”, „Na dobre i na złe”, „Magda M” i „Teraz albo nigdy”.
W debiutanckim filmie reżysera Marcina Bortkiewicza „Noc Walpurgi” zagrała główną rolę, którą uważa za najtrudniejszą i najważniejszą, a jury Koszalińskiego Festiwalu Debiutów Filmowych „Młodzi i Film” doceniło „brawurowe i bezgraniczne oddanie się roli w ramach ryzykownej konwencji”.
Zdaniem Małgorzaty Zajączkowskiej najcenniejsze są nagrody otrzymywane za bieżące, a nie przeszłe dokonania. Pani Małgosiu, mamy nadzieję, że Politka – nagroda za upowszechnianie kultury polskiej poza granicami naszej ojczyzny wpłynie na Pani zdanie. Jest Pani i zawsze będzie piękną, wyrazistą wizytówką polskiej sztuki filmowej.Niezależną, silną, mającą dystans do siebie i świata, kobietą z życiowym mottem – „Żyć dniem dzisiejszym, żyć prawdziwie!”.